מערכת החינוך הממלכתית ברועי כוללת גן רב גילאי בתוך המושב (טרום וחובה) בניהול מחלקת החינוך של המועצה, אשר מעניקה שירות גם לילדי המושבים בקעות וחמרה (7:30 עד 15:45 כולל הסעות מועצה). המערכת שמה דגש על חינוך לערכים של סובלנות ואהבת האדם והאדמה (קיימות), ומשלבת בפעילות טיולי טבע חווייתיים. לילדי הגיל הרך יש פעוטונים במושבים הסמוכים (לגילאי 0-3) ובמרכז רועי יש פעלטון ג'ימבורי לתינוקות.

בית הספר היסודי ממלכתי (א'-ו') "גפנים" (שזוכה כבר כמה שנים ברצף לציונים לשבח), ממוקם בקרית החינוך שבמתחם המועצה האזורית, ליד מושב משואה, במרחק של כ-25 דקות בהסעות מועצה. חטיבת הביניים ובית הספר התיכון ממלכתי האזורי "ירדן" (ז'-י"ב), ממוקם ביישוב מעלה אפרים, גם הוא במרחק של כ-25 דקות בהסעות מועצה.

החינוך הבלתי פורמלי בבקעת הירדן כולל קשת רחבה של חוגים, הצגות, טיולים ותוכניות העשרה של מחלקת החינוך בשעות אחר הצהריים (במתנ"ס בקעת הירדן), אליהם מגיעים הילדים אחרי שעות בית הספר בליווי מדריכים, ובסיום הפעילות הילדים מפוזרים ליישובים בהסעות מועצה. ברועי מתקיימת גם פעילות שבועית לנוער בהדרכה מקומית.